O PBQP-H foi estruturado em projetos, a partir de um modelo matricial. Cada projeto
corresponde a um conjunto de ações que contribui diretamente para o desenvolvimento do
Programa, e busca solucionar um problema específico na área da qualidade da construção civil. Alguns dos projetos são considerados propulsores enquanto outros foram inseridos como apoio, porém todos têm uma função específica no processo e, se relacionam direta ou indiretamente.

A estrutura matricial do Programa permite, também a inserção e/ou exclusão de projetos na medida em que se fizer necessário.

Cada projeto é desenvolvido pelo Governo Federal em conjunto com especialistas,
entidades do setor, consultores e setor privado, e tem um responsável denominado Gerente do Projeto. Contam ainda com o apoio de um técnico da Coordenação Geral e do GAT (Grupo de Assessoramento Técnico), que faz o papel de facilitador do processo e é o
responsável pela compatibilização das ações entre projetos.

Os principais projetos são:

Sistema de Avaliação da Conformidade de Serviços e Obras - SiAC

Qualificação de Empresas de Materiais, Componentes e Sistemas Construtivos - SiMaC

Indicadores de Desempenho

Sistema Nacional de Avaliações Técnicas - SINAT

Sistema de Formação e Requalificação de Mão-de-obra

Assistência Técnica a Autogestão

Capacitação Laboratorial

Sistema Nacional de Comunicação e Troca de Informação

Cooperação Internacional